První zmínka o kostele v Horce nad Moravou je z roku 1279. Tehdy stál kostel na místě dnešní staré školy.

Současný kostel sv. Mikuláše byl postaven v letech 1752 – 1754 šestapadesátým opatem premonstrátského kláštera na Hradisku u Olomouce Pavlem III. Ferdinandem Václavíkem, jehož znak je umístěn nad portálem hlavního vchodu horeckého zámku. Kostel byl slavnostně posvěcen 24. června 1754 na slavnost Narození svatého Jana Křtitele.

Od roku 1991 až do současnosti je farnost spravována řeholní komunitou bratří karmelitánů z Olomouce-Hejčín.